上海交通大学医学院附属仁济医院消化内科、上海市消化疾病研究所是国内消化内科主要的医疗、科研和教学基地之一。本学科是首批国家博士学位授予点；1984年, 由江绍基教授和萧树东教授创建了上海市消化疾病研究所；1990年被批准为国家教委内科消化重点学科，且2002年又以同类一级学科和二级学科皆总分第一的成绩继续成为国家重点学科；1991年被确立为临床医学博士后流动站；1994年经卫生部评审成立卫生部内科消化重点实验室；1996年又再次被评为上海市高教局重点发展学科；1997年确立为“211工程”重点学科；1998年被卫生部批准为部属消化内科临床药理基地（现改名为“上海市消化疾病研究所国家药品临床研究基地”）；1998年设立特聘教授岗位（长江计划）。近五年来本学科建设取得成绩的重要标志如下：
1. 2001年上海市内科消化重点学科
2. 2002年教育部 “211工程”重点学科 （II期“十五”规划）
3. 2002年教育部消化内科重点学科
4. 2002年成为上海市消化内科临床医学中心
5. 2003年“胃肠病学”杂志成为核心期刊、统计源期刊
6. 2003年成立上海市脂肪性肝病诊治研究中心
7. 2004年5月12日成立幽门螺杆菌及酸相关性疾病诊疗中心
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